Гемоглобин в эволюции животных

Гемоглобин в эволюции животных thumbnail

Эволюция генотипов гемоглобина как механизм адаптации к условиям существования

Функция дыхания у различных групп животных осуществляется неодинаково. Существует три основных механизма обеспечения организма кислородом.

  • 1. Малоактивные животные (простейшие, губки, кишечнополостные, некоторые черви, моллюски, ракообразные) обеспечиваются кислородом путем простой диффузии через поверхность тела.
  • 2. Высокоактивные животные, нуждающиеся в больших количествах кислорода, обладают соответствующими эффективными механизмами, обеспечивающими поступление кислорода в организм.
  • а) Насекомые и некоторые другие представители членистоногих обладают трахейной системой, пронизывающей все тело и доставляющей кислород непосредственно тканям и клеткам самых отдаленных от поверхности частей тела.
  • б) Транспорт кислорода к тканям при помощи дыхательных пигментов крови (позвоночные животные, некоторые черви) или гемолимфы (часть червей, ракообразных, моллюсков). У этой группы животных помимо органов дыхания, в которых происходит обмен газов, имеется сосудистая система, по которой движется кровь, вступая в контакт со всеми частями тела, и дыхательные пигменты, способные связывать кислород. Основным дыхательным пигментом, распространенным среди всех групп животных, является гемоглобин.

Эволюция гемоглобинов приматов подробно проанализирована Hill и соавторами в 1963—1964 гг. Гемоглобины различных животных обладают видовой специфичностью, обусловленной своеобразием строения белковой части молекулы.

Обезьяны Старого и Нового Света обладают гемоглобинами, очень сходными с человеческими. У макаки, например, (3-цепь отличается от таковой у человека всего одним остатком: в 87-м положении (тре — у человека, глу — у макаки). Несколько больше отличаются от человеческих гемоглобины африканских лори и других низших приматов, a-цепь в ходе эволюции оказалась гораздо более стабильной, чем другие цепи. Хотя и в (3-цепи аминокислоты с 30-й по 40-ю остаются неизменными во всех гемоглобинах приматов. Синтез четырех полипептидных цепей НЬ человека контролируется четырьмя генами, обозначаемыми по названию цепей а-, (3-, у- и 5-, которые обязательно присутствуют в гаплоидном наборе хромосом здорового человека. В большинстве популяций человека ген а-глобиновой цепи находится в дуплицированном состоянии.

На сегодняшний день хорошо изучена нуклеотидная последовательность всех глобиновых генов. Гены глобинов человека образуют мультигенные семейства и расположены на двух хромосомах в составе двух кластеров, a-кластер глобиновых генов (семейство ?- и a-генов) занимает 25 000 пар оснований и находится в коротком плече 16-й хромосомы. Семейство е-, у-, (3-, 8-генов ((3-кластер) располагается на коротком плече 11-й хромосомы на участке в 60 нуклеотидов (рис. 4.1).

Карта генов у-, б- и р-глобинов человека (по Л.Страйеру)

Рис. 4.1. Карта генов у-, б- и р-глобинов человека (по Л.Страйеру)

Гены в a-кластере расположены в следующем порядке (от 5’ к 3’): ген эмбриональной ?-цепи, псевдоген ?-цепи, псевдоген a-цепи и два идентичных гена а-цепи.

Расположение генов в (3-кластере следующее: ген эмбриональной е-цепи, два гена фетальных у-цепей, псевдоген (3-цепи, ген 8-цепи и ген (3-цепи. Порядок расположения этих генов совпадает с порядком их экспрессии в ходе онтогенеза. Все глобиновые гены имеют сходную функциональную организацию. Каждый из них имеет три кодирующие последовательности или три экзона. Между данными экзонами находятся две уникальные вставочные последовательности или интроны (IVS-1, IVS-2). Как известно, интроны транскрибируются вместе с экзонами и вырезаются в ходе процессинга для образования функциональной мРНК.

Очевидно, все а-, (3-, у-, б- и е-цепи возникли в ходе эволюции в результате дупликации и транслокации генов из единого исходного гемсодержащего белка, похожего на миоглобин.

В 1966 г. Fitch предположил, что исходный ген кодировал 88 аминокислот, а затем благодаря линейной неполной дупликации размер его увеличился до настоящих параметров.

Сравнительный анализ аминокислотных последовательностей различных гемоглобиновых полипептидов дает следующую схему филогенеза, протекавшего на основе дупликаций исходного гена и последующей дифференциации дуплицированных участков ДНК:

Гемоглобин в эволюции животных

Вероятно, около 1100 млн лет назад произошла дупликация гена-предшественника, давшая начало миоглобиновым и гемо- глобиновым генам. Сходство первичной и высших структур миоглобина и глобиновых субъединиц очевидно (рис. 4.2).

Позднее, около 500 млн лет назад, на ранней стадии эволюции позвоночных произошла дупликация, давшая начало двум (а и (3) семействам глобиновых генов, сопровождавшаяся транслокацией.

Примерно 200 млн лет назад очередная дупликация привела к возникновению в семействе (3-глобиновых генов (3-глобинов плодов и взрослых. Около 100 млн лет назад произошло образование е- и у-глобиновых генов и, наконец, 40 млн лет назад появились 8- и (3-глобиновые гены.

Сравнение конформаций главной цепи миоглобина (а) и о.-цепи гемоглобина (б) (по Л. Страйеру)

Рис. 4.2. Сравнение конформаций главной цепи миоглобина (а) и о.-цепи гемоглобина (б) (по Л. Страйеру)

Источник

Биологи выяснили происхождение гемоглобина и синтезировали белки, которые были его предками. Оказалось, что поразительная эффективность этого вещества, сделавшая позвоночных господами планеты, возникла благодаря всего двум ключевым мутациям.

Достижение описано в научной статье, опубликованной в журнале Nature.

Великолепная четвёрка

Все современные наземные позвоночные и почти все морские, за исключением жалкой сотни видов, относятся к группе челюстных. Но выделяются они не только челюстями, но и строением гемоглобина. Он невероятно эффективно справляется с переносом кислорода. Несомненно, это стало одним из главных эволюционных козырей челюстных, позволивших им оккупировать верхние уровни всех пищевых цепей на суше и в море.

Гемоглобин челюстных – белок с характером. Его молекула – это комплекс из четырёх субъединиц, каждая из которых, в общем-то, и сама представляет собой полноценную молекулу белка. Таким образом, наш гемоглобин – это белок, состоящий из других белков.

Таких белков два, и обозначаются они греческими буквами α и β. Каждая молекула гемоглобина в нашей крови состоит из двух молекул α-белка (α-субъединиц) и двух молекул β-белка (β-субъединиц).

При этом все четыре субъединицы связывают или высвобождают кислород одновременно. Так что молекула гемоглобина транспортирует живительный газ по принципу “четыре грузовика по цене одного”. Ничего удивительного, что организмы с такой щедрой кислородной логистикой добились господствующего положения на земном шаре.

Удивительная эффективность гемоглобина позволяет нам иметь быстрый обмен веществ.

Потомки индивидуалистов

При этом и α-, и β-белок входят в обширное семейство глобинов. Удивительно, но их ближайшие известные “сородичи” по этому семейству совсем не склонны объединятся в комплексы и брать на себя скромную роль субъединиц. Они предпочитают гордое одиночество. В таком случае когда и как они обрели способность к объединению (за что им огромное спасибо от имени всех челюстных)? До сих пор ответа не было.

Между прочим, эта загадка касается не только гемоглобина. Большинство белков представляют собой комплексы из нескольких субъединиц и только благодаря этому могут выполнять свои биологические функции. И совершенно неизвестно, как и когда молекулы-субъединицы научились подобной кооперации.

И, пожалуй, именно с гемоглобина удобнее всего было начать распутывать эту головоломку.

“Структура и функция гемоглобина изучены лучше, чем, возможно, любой другой молекулы. Но ничего не было известно о том, как они возникли в ходе эволюции, – рассказывает первый автор статьи Арвид Пиллаи (Arvind Pillai) из Чикагского университета. – Это отличная модель [для изучения эволюции белков], потому что компоненты гемоглобина являются частью обширного семейства белков, и их самые близкие “родственники” не образуют комплексов, а функционируют в одиночку”.

Отзвуки прошлого

Проанализировав структуру разных глобинов, исследователи восстановили их эволюционное древо. Они исходили из того, что все глобины происходят от общего белка-предка. При этом чем больше похожи друг на друга последовательности аминокислот в двух белках, тем позже разошлись их эволюционные пути. А зная, насколько часто происходят мутации, можно установить и когда произошло это ветвление.

Биологи не просто вычислили структуру белков-предков. Они синтезировали эти вещества и изучили их в эксперименте. Здесь авторам опять-таки помог тот факт, что человечество десятилетиями пристально изучало гемоглобин и накопило целый арсенал методов для этого занятия. Он подошёл и для исследования “воскрешенных” молекул.

“Есть отличные лабораторные инструменты для анализа их свойств”, – отмечает Пиллаи.

Эволюционное дерево гемоглобина челюстных согласно новому исследованию.

Захватывающая история из жизни белков

У авторов получилась следующая история из жизни белков. Это быль, но, чтобы облегчить участь читателя, расскажем её в тоне сказки.

Жил-был на свете белок, последний общий предок гемоглобина и миоглобина (исследователи назвали его AncMH). И никаких комплексов ни с кем он образовывать не умел и не хотел.

Но однажды он мутировал, и получился из него белок Ancα/β – последний общий предок α- и β-белков гемоглобина. Две молекулы Ancα/β уже умели образовывать пару друг с другом.

Долго ли, коротко ли, но Ancα/β тоже мутировал. И возникло два новых белка: Ancα и Ancβ. И оказалось, что молекула Ancα так нравится молекуле Ancβ, а та настолько отвечает ей взаимностью, что две эти молекулы могут образовать пару.

До гемоглобина остался лишь один шаг. Ancα и Ancβ снова претерпели каждый свою мутацию. После чего из Ancα получился уже α-белок собственной персоной, а из Ancβ – β-белок. А пара, состоящая из одной молекулы α-белка и одной молекулы β-белка, обрела способность объединиться с другой такой же парой.

Так и получилась молекула-четвёрка, поныне снабжающая каждого из нас кислородом (в этом месте все челюстные дружно поаплодировали руками, лапами и плавниками).

Три революции в одной

Удивительно, но две мутации, научившие пары Ancα+Ancβ объединяться в четвёрки, привели к ещё одному животворному изменению.

Молекулы всех предшественников нашего современного гемоглобина, включая Ancα и Ancβ, слишком уж страстно сливались в объятиях с молекулой кислорода и неохотно расставались с ней. Поэтому они плохо выполняли свою функцию по снабжению этим веществом клеток.

Мутации, собравшие четыре белка в один, не заменили ни одной аминокислоты в участке молекулы, который соединяется с кислородом. Но когда четыре молекулы объединились, аминокислотная нить буквально натянулась как верёвка. Участок, связывающий кислород, изменил свою форму. В результате белок умерил свой пыл в отношении O2.

Более того, при этом возникла и та самая склонность всех субъединиц присоединять или отдавать кислород одновременно (очень удачно для каждого из нас).

Происходит этот процесс так. Когда одна субъединица соединяется с молекулой кислорода, натяжение аминокислотной нити ослабевает. “Кислородосвязывающий” участок соседней субъединицы возвращает себе исходную форму. Примерно ту самую, которую он имел в жадной до O2 молекуле Ancα или Ancβ. Поэтому эта субъединица тоже сразу же хватает пролетающий мимо кислород. Потом приходит черёд третьей субъединицы, а затем и четвёртой.

Когда приходит время расставаться с добычей, всё происходит в обратном порядке. Достаточно одной субъединице отдать свою молекулу газа, как аминокислотная нить снова натягивается. Форма связывающего кислород участка ближайшей субъединицы меняется, и она уже не настолько крепко держит молекулу O2. Потом та же участь постигает третью и четвёртую субъединицу.

Так и получается наш замечательный гемоглобин. Его молекула состоит из четырёх субъединиц, присоединяющих или отдающих кислород одновременно. И чувство родства с кислородом у него ровно такое, какое выгодно организму. Он охотно забирает этот газ из лёгких или жабр, но при этом послушно отдаёт его нуждающимся клеткам. И всё благодаря двум простым мутациям, научившим пары молекулы объединяться в четвёрку.

Кстати, произошли они более 400 миллионов лет назад, ещё до того, как разделились эволюционные линии человека и акулы.

Эффективный гемоглобин стал эволюционным козырем челюстных позвоночных.

Всемогущая случайность

“Мы были поражены, когда увидели, что такой простой механизм может породить такие сложные свойства, – признаётся глава исследовательской группы Джозеф Торнтон (Joseph Thornton) из Чикагского университета. – Это говорит о том, что во время эволюции скачки в сложности могут происходить внезапно и даже случайно, создавая новые молекулярные объекты, которые в конечном итоге становятся необходимыми для нашей биологии”.

Традиционный взгляд на эволюцию, восходящий ещё к Дарвину, заключается в том, что новое не возникает сразу. Мутации, ведущие к кардинальным изменениям в организме, конечно, случаются, но они могут быть только вредными. Получится урод, монстр, который не сможет выжить и размножиться.

Живой организм настолько сложен, говорят сторонники этой позиции, что любое крупное изменение нарушит какой-нибудь важный процесс. Изменить живое и при этом оставить его живым можно только в мелочах. Конечно, мелкие изменения постепенно накапливаются, рано или поздно меняя организм до неузнаваемости. Но нужны целые эпохи, чтобы потомок перестал походить на предка.

Между тем восстановленная авторами история гемоглобина убедительно демонстрирует, что иногда ключевые изменения происходят скачком, за одну-две мутации. Кстати, это далеко не единственный пример того, как изменения в небольшом числе генов обеспечивают эволюционные прорывы. Так что, хотя эволюция действительно чаще всего работает через накопление небольших изменений, иногда случаются стремительные революции.

Другой урок этого исследования, пожалуй, в том, насколько нынешний облик всей биосферы определяется произошедшими когда-то случайностями.

“Представьте себе, если эти две мутации никогда не произошли <…>, – фантазирует Торнтон. – Гемоглобин в том виде, в котором мы его знаем, не эволюционировал. А вместе с ним многие последующие инновации, которые требуют эффективного транспорта кислорода, такие как быстрый обмен веществ и способность достигать гораздо больших размеров и двигаться гораздо быстрее, чем наши древние морские предки”.

Впрочем, как ни удивительно, ключевые эволюционные прорывы нередко происходят независимо в разных эволюционных линиях. Например, животные и растения стали многоклеточными независимо друг от друга. Так что было бы слишком опрометчиво утверждать, что без этих двух мутаций позвоночные так и остались бы мелкими и медлительными морскими созданиями с неэффективным дыханием. Возможно, случились бы какие-то другие изменения в белках, решившие проблему доставки кислорода. Но, вероятно, жизнь в этом случае была бы совсем не похожа на ту, частью которой мы являемся.

К слову, ранее “Вести.Наука” (nauka.vesti.ru) рассказывали об эволюционной истории другого ключевого изобретения живых организмов – фотосинтеза.

Источник

Эволюцию этого соединения можно проследишь, сравнивая последовательность аминокислотных остатков в различных цепях гемоглобинов человека и в молекулах гемоглобина животных

Э. Цукеркандль

В каждом живом организме подробно записано его прошлое, начиная с момента возникновения жизни на Земле. Эта запись в закодированной форме хранится в гигантских молекулах дезоксирибонуклеиновой кислоты (ДНК), составляющей геном организма, или полный запас его генетической информации. В более осязаемой форме генетическая информация воплощается в белковых молекулах, которые определяют форму и функции организма.

ДНК и белок служат живыми документами эволюционной истории. Они сильно различаются по своему химическому строению, но вместе с тем имеют один очень существенный общий признак: их молекулы представляют собой линейные последовательности субъединиц, различающихся между собой лишь незначительно, подобно разноцветным бусинкам в ожерелье. За каждой такой «бусинкой» закреплено определенное место; в результате мутации (наследуемые изменения) может либо произойти изменение цвета «бусинки», либо замена, исчезновение или добавление лишней «бусинки». Белковые молекулы имеют определенную пространственную конфигурацию, что позволяет им выполнять специфические функции.

Молекулярные документы эволюционной истории изучает недавно возникшая наука — химическая палеогенетика. Она стремится выяснить следующий вопрос: как протекала эволюция на молекулярном уровне? Эта новая наука находится на заре своего развития: ведь о линейной последовательности субъединиц, которыми записан код в отдельном гене молекулы ДНК, пока еще почти ничего неизвестно. В вирусах — самых малых структурах, несущих информацию для собственного воспроизведения,— содержится от нескольких генов до нескольких сотен генов. В свою очередь каждый ген состоит из нескольких сотен кодирующих «букв». До сих пор не удалось выделить из какого-либо организма отдельный ген и подвергнуть его химическому анализу.

Что же касается химической структуры отдельных полипептидных цепей, в которых воплощена информация, закодированная в соответствующих генах, то она вполне поддается изучению.

Основная цепь белковой молекулы, то есть последовательность аминокислотных молекул, соединенных пептидными связями, называется полипептидом. Пептидная связь возникает при соединении двух молекул аминокислот с выделением одной молекулы воды.


«Молекулы и клетки», под ред. Г.М.Франка

Аминокислотная последовательность предковой полипептидной цепи

Объединив информацию, полученную на основании анализа молекулярных филогенетических древес, составленных для отдельных аминокислотных субъединиц, можно восстановить полную аминокислотную последовательность предковой полипептидной цепи. Смотрите рисунок – Родоначальный аминокислотный остаток (6) Смотрите рисунок – Установить родоначальный аминокислотный остаток (7) Обобщая данные по построению эволюционных древес для отдельных аминокислотных остатков Обобщая данные по построению эволюционных древес для отдельных…

Родственные взаимоотношения известных цепей гемоглобина и миоглобина человека

Схема эволюции цепей гемоглобина и миоглобина от общего предка Схема эволюции цепей гемоглобина и миоглобина от общего предка, составленная на основании числа различий между этими цепями. Кружки показывают моменты предполагаемой дупликации родоначальных генов, дававшей каждый раз начало новой линии гена; м—цепь миоглобина. На рисунке выше схематически показаны вероятные родственные взаимоотношения известных цепей гемоглобина и миоглобина…

Представление о происхождении от общего предка α- и β-цепей

Представление о происхождении от общего предка подтверждается еще одним фактом. Дело в том, что в гемоглобине человека вместо р-цепи присутствуют иногда другие цепи (так называемые γ-, δ- или ε-цепи), отличающиеся от нее по своей аминокислотной последовательности. ε -Цепь встречается лишь на самых ранних этапах эмбрионального развития; γ -цепь присутствует в гемоглобине на протяжении почти всего…

Дупликатные гены

Дупликатные гены, по-видимому, очень ценны для организма. Так, они способны вызывать удвоенный (по сравнению с тем, что имело место до дупликации) синтез данной полипептидной цепи. Однако их функция выяснена еще не до конца. Например, γ-цепь, входящая в состав гемоглобина плода, приспособлена, очевидно, специально для внутриутробного развития, а β-цепь, замещающая ее вскоре после рождения,— для постнатального…

Эволюция

Часто говорят, что эволюция длилась одинаково долго как для организмов, которые, казалось бы, мало отличаются от своих предков, так и для тех организмов, которые сильно изменились. Отсюда ученые делают вывод, что по своим биохимическим свойствам все эти «живые ископаемые» также должны резко отличаться от своих далеких предков. С моей точки зрения, маловероятно, чтобы в процессе…

ДНК аминокислот

Каждая аминокислота закодирована в ДНК «словом» из трех «букв»; следовательно, в полипептидной цепи происходит своего рода «сжатие» информации по сравнению с кодирующим эту цепь геном. Для того чтобы закодировать полипептид из 200 аминокислотных остатков, требуется структурный ген, состоящий из 600 кодирующих букв. Отношение три к одному возникает потому, что существует 20 видов аминокислот и всего…

Миоглобин кашалота и α- и β-цепи гемоглобина человека

По своей аминокислотной последовательности миоглобин кашалота и α- и β-цепи гемоглобина человека далеки друг от друга. Последовательность аминокислот в миоглобине человека установлена еще не до конца, однако уже сейчас ясно, что он в этом отношении окажется гораздо ближе к миоглобину кашалота, чем к какой-либо из цепей гемоглобина человека. В 37 положениях миоглобина кашалота и ос-цепи…

Сдвиг сегментов α- и β-цепей

Считается, что сдвиг произведен правильно, если при этом достигается максимальное совпадение между сегментами двух цепей. Получается, как видите, заколдованный круг: сдвиги оправдывают гипотетическими делециями (или добавлениями) аминокислот, а делеции (или добавления) — сдвигами. Как же найти выход из этого положения? Дело в том, что путем немногих сдвигов можно добиться прекрасного совпадения — но только у…

Различия в скорости и согласованности процессов в аминокислотной последовательности

Например, было высказано предположение, что различия в скорости и согласованности процессов связаны с определенными последовательностями оснований в ДНК, которые не кодируют полипептидных цепей. Однако создается впечатление, что в конечном счете различия между организмами — при постоянных условиях окружающей среды — определяются различиями в молекулярных последовательностях. Это могут быть различия в чередовании оснований в генах, которые…

Сравнение цепей гемоглобина, позволяющее установить время для эффективного замещения

Сравнение цепей гемоглобина, позволяющее установить время, необходимое для возникновения эволюционно эффективного замещения одной аминокислоты в полипептидной цепи Животное Число различий * Среднее число различий во всех цепях Время, прошедшее с момента отхождения от общего предка α-цепь β-цепь Лошадь 17 26 – – Свинья ~18 ~14 ~22 80 млн. лет Бык 27 – – – Кролик…

Источник