Молекула гемоглобина подобна молекуле
Биологи выяснили происхождение гемоглобина и синтезировали белки, которые были его предками. Оказалось, что поразительная эффективность этого вещества, сделавшая позвоночных господами планеты, возникла благодаря всего двум ключевым мутациям.
Достижение описано в научной статье, опубликованной в журнале Nature.
Великолепная четвёрка
Все современные наземные позвоночные и почти все морские, за исключением жалкой сотни видов, относятся к группе челюстных. Но выделяются они не только челюстями, но и строением гемоглобина. Он невероятно эффективно справляется с переносом кислорода. Несомненно, это стало одним из главных эволюционных козырей челюстных, позволивших им оккупировать верхние уровни всех пищевых цепей на суше и в море.
Гемоглобин челюстных – белок с характером. Его молекула – это комплекс из четырёх субъединиц, каждая из которых, в общем-то, и сама представляет собой полноценную молекулу белка. Таким образом, наш гемоглобин – это белок, состоящий из других белков.
Таких белков два, и обозначаются они греческими буквами α и β. Каждая молекула гемоглобина в нашей крови состоит из двух молекул α-белка (α-субъединиц) и двух молекул β-белка (β-субъединиц).
При этом все четыре субъединицы связывают или высвобождают кислород одновременно. Так что молекула гемоглобина транспортирует живительный газ по принципу “четыре грузовика по цене одного”. Ничего удивительного, что организмы с такой щедрой кислородной логистикой добились господствующего положения на земном шаре.
Удивительная эффективность гемоглобина позволяет нам иметь быстрый обмен веществ.
Потомки индивидуалистов
При этом и α-, и β-белок входят в обширное семейство глобинов. Удивительно, но их ближайшие известные “сородичи” по этому семейству совсем не склонны объединятся в комплексы и брать на себя скромную роль субъединиц. Они предпочитают гордое одиночество. В таком случае когда и как они обрели способность к объединению (за что им огромное спасибо от имени всех челюстных)? До сих пор ответа не было.
Между прочим, эта загадка касается не только гемоглобина. Большинство белков представляют собой комплексы из нескольких субъединиц и только благодаря этому могут выполнять свои биологические функции. И совершенно неизвестно, как и когда молекулы-субъединицы научились подобной кооперации.
И, пожалуй, именно с гемоглобина удобнее всего было начать распутывать эту головоломку.
“Структура и функция гемоглобина изучены лучше, чем, возможно, любой другой молекулы. Но ничего не было известно о том, как они возникли в ходе эволюции, – рассказывает первый автор статьи Арвид Пиллаи (Arvind Pillai) из Чикагского университета. – Это отличная модель [для изучения эволюции белков], потому что компоненты гемоглобина являются частью обширного семейства белков, и их самые близкие “родственники” не образуют комплексов, а функционируют в одиночку”.
Отзвуки прошлого
Проанализировав структуру разных глобинов, исследователи восстановили их эволюционное древо. Они исходили из того, что все глобины происходят от общего белка-предка. При этом чем больше похожи друг на друга последовательности аминокислот в двух белках, тем позже разошлись их эволюционные пути. А зная, насколько часто происходят мутации, можно установить и когда произошло это ветвление.
Биологи не просто вычислили структуру белков-предков. Они синтезировали эти вещества и изучили их в эксперименте. Здесь авторам опять-таки помог тот факт, что человечество десятилетиями пристально изучало гемоглобин и накопило целый арсенал методов для этого занятия. Он подошёл и для исследования “воскрешенных” молекул.
“Есть отличные лабораторные инструменты для анализа их свойств”, – отмечает Пиллаи.
Эволюционное дерево гемоглобина челюстных согласно новому исследованию.
Захватывающая история из жизни белков
У авторов получилась следующая история из жизни белков. Это быль, но, чтобы облегчить участь читателя, расскажем её в тоне сказки.
Жил-был на свете белок, последний общий предок гемоглобина и миоглобина (исследователи назвали его AncMH). И никаких комплексов ни с кем он образовывать не умел и не хотел.
Но однажды он мутировал, и получился из него белок Ancα/β – последний общий предок α- и β-белков гемоглобина. Две молекулы Ancα/β уже умели образовывать пару друг с другом.
Долго ли, коротко ли, но Ancα/β тоже мутировал. И возникло два новых белка: Ancα и Ancβ. И оказалось, что молекула Ancα так нравится молекуле Ancβ, а та настолько отвечает ей взаимностью, что две эти молекулы могут образовать пару.
До гемоглобина остался лишь один шаг. Ancα и Ancβ снова претерпели каждый свою мутацию. После чего из Ancα получился уже α-белок собственной персоной, а из Ancβ – β-белок. А пара, состоящая из одной молекулы α-белка и одной молекулы β-белка, обрела способность объединиться с другой такой же парой.
Так и получилась молекула-четвёрка, поныне снабжающая каждого из нас кислородом (в этом месте все челюстные дружно поаплодировали руками, лапами и плавниками).
Три революции в одной
Удивительно, но две мутации, научившие пары Ancα+Ancβ объединяться в четвёрки, привели к ещё одному животворному изменению.
Молекулы всех предшественников нашего современного гемоглобина, включая Ancα и Ancβ, слишком уж страстно сливались в объятиях с молекулой кислорода и неохотно расставались с ней. Поэтому они плохо выполняли свою функцию по снабжению этим веществом клеток.
Мутации, собравшие четыре белка в один, не заменили ни одной аминокислоты в участке молекулы, который соединяется с кислородом. Но когда четыре молекулы объединились, аминокислотная нить буквально натянулась как верёвка. Участок, связывающий кислород, изменил свою форму. В результате белок умерил свой пыл в отношении O2.
Более того, при этом возникла и та самая склонность всех субъединиц присоединять или отдавать кислород одновременно (очень удачно для каждого из нас).
Происходит этот процесс так. Когда одна субъединица соединяется с молекулой кислорода, натяжение аминокислотной нити ослабевает. “Кислородосвязывающий” участок соседней субъединицы возвращает себе исходную форму. Примерно ту самую, которую он имел в жадной до O2 молекуле Ancα или Ancβ. Поэтому эта субъединица тоже сразу же хватает пролетающий мимо кислород. Потом приходит черёд третьей субъединицы, а затем и четвёртой.
Когда приходит время расставаться с добычей, всё происходит в обратном порядке. Достаточно одной субъединице отдать свою молекулу газа, как аминокислотная нить снова натягивается. Форма связывающего кислород участка ближайшей субъединицы меняется, и она уже не настолько крепко держит молекулу O2. Потом та же участь постигает третью и четвёртую субъединицу.
Так и получается наш замечательный гемоглобин. Его молекула состоит из четырёх субъединиц, присоединяющих или отдающих кислород одновременно. И чувство родства с кислородом у него ровно такое, какое выгодно организму. Он охотно забирает этот газ из лёгких или жабр, но при этом послушно отдаёт его нуждающимся клеткам. И всё благодаря двум простым мутациям, научившим пары молекулы объединяться в четвёрку.
Кстати, произошли они более 400 миллионов лет назад, ещё до того, как разделились эволюционные линии человека и акулы.
Эффективный гемоглобин стал эволюционным козырем челюстных позвоночных.
Всемогущая случайность
“Мы были поражены, когда увидели, что такой простой механизм может породить такие сложные свойства, – признаётся глава исследовательской группы Джозеф Торнтон (Joseph Thornton) из Чикагского университета. – Это говорит о том, что во время эволюции скачки в сложности могут происходить внезапно и даже случайно, создавая новые молекулярные объекты, которые в конечном итоге становятся необходимыми для нашей биологии”.
Традиционный взгляд на эволюцию, восходящий ещё к Дарвину, заключается в том, что новое не возникает сразу. Мутации, ведущие к кардинальным изменениям в организме, конечно, случаются, но они могут быть только вредными. Получится урод, монстр, который не сможет выжить и размножиться.
Живой организм настолько сложен, говорят сторонники этой позиции, что любое крупное изменение нарушит какой-нибудь важный процесс. Изменить живое и при этом оставить его живым можно только в мелочах. Конечно, мелкие изменения постепенно накапливаются, рано или поздно меняя организм до неузнаваемости. Но нужны целые эпохи, чтобы потомок перестал походить на предка.
Между тем восстановленная авторами история гемоглобина убедительно демонстрирует, что иногда ключевые изменения происходят скачком, за одну-две мутации. Кстати, это далеко не единственный пример того, как изменения в небольшом числе генов обеспечивают эволюционные прорывы. Так что, хотя эволюция действительно чаще всего работает через накопление небольших изменений, иногда случаются стремительные революции.
Другой урок этого исследования, пожалуй, в том, насколько нынешний облик всей биосферы определяется произошедшими когда-то случайностями.
“Представьте себе, если эти две мутации никогда не произошли <…>, – фантазирует Торнтон. – Гемоглобин в том виде, в котором мы его знаем, не эволюционировал. А вместе с ним многие последующие инновации, которые требуют эффективного транспорта кислорода, такие как быстрый обмен веществ и способность достигать гораздо больших размеров и двигаться гораздо быстрее, чем наши древние морские предки”.
Впрочем, как ни удивительно, ключевые эволюционные прорывы нередко происходят независимо в разных эволюционных линиях. Например, животные и растения стали многоклеточными независимо друг от друга. Так что было бы слишком опрометчиво утверждать, что без этих двух мутаций позвоночные так и остались бы мелкими и медлительными морскими созданиями с неэффективным дыханием. Возможно, случились бы какие-то другие изменения в белках, решившие проблему доставки кислорода. Но, вероятно, жизнь в этом случае была бы совсем не похожа на ту, частью которой мы являемся.
К слову, ранее “Вести.Наука” (nauka.vesti.ru) рассказывали об эволюционной истории другого ключевого изобретения живых организмов – фотосинтеза.
Гемоглобин (НЬ) – сложный олигомерный белок, состоящий из 4 протомеров двух типов (2α и 2β), включающих 574 аминокислотных остатка. Содержится в эритроцитах, на его долю приходится до 90% массы белков клетки. Гемоглобин обеспечивает перенос кислорода из легких в ткани и удаление диоксида углерода из тканей.
В мышцах внутриклеточный транспорт и кратковременное депонирование кислорода осуществляет другой белок – миоглобин (Mb). Он не является олигомером, так как состоит только из одной полипептидной цепи, конформация которой очень похожа на пространственную структуру β-цепи гемоглобина (рис. 1.20). Большую часть молекулы
Рис. 1.20. Структура миоглобина иβ-цепи гемоглобина
А– миоглобин; Б– β-цепь гемоглобина
Mb и протомеров Hb составляют 8 α-спиральных участков, образующих глобулу с гидрофобным углублением, в котором находится центр связывания с кислородом (активный центр).При этом полипептидные цепи миоглобина и протомеров гемоглобина идентичны всего на 20%.
Оба белка являются холопротеинами, простетическая группа – гем, который находится в активном центре и участвует во взаимодействии с кислородом (рис. 1.21). Гем (ферропротопорфирин) представляет собой органическое соединение с плоской молекулой, включающей 4 пиррольных цикла и ион железа Fe2+. Он является окрашенным соединением и придает красный цвет гемоглобину, эритроцитам (красные кровяные тельца) и крови.
Гем присоединяется к неполярным радикалам активного центра своими пиррольными циклами, а также к радикалу гистидина с помощью атома Fe. Пиррольные кольца гема расположены в одной плоскости, а ион Fe2+ в неоксигенированом состоянии Hb выступает над плоскостью на 0,6 А. При присоединении кислорода ион железа погружается в плоскость колец гема (рис. 1.22). В результате сдвигается и участок полипептидной цепи, нарушаются слабые связи в молекуле Hb и изменяется конформация всей глобулы. Таким образом, присоединение кислорода вызывает изменение пространственной структуры молекулы миоглобина или протомеров гемоглобина.
Рис. 1.21. Строение гемоглобина и гема
А– гемоглобин– сложный белок, олигомер, состоит из 2 α- и 2 β-субъединиц глобина, каждая имеет центр связывания, где располагается небелковая часть молекулы – гем. Он участвует в присоединении молекулы кислорода. Между протомерами образуется аллостерический центр для присоединения регуляторного лиганда гемоглобина 2,3-бисфосфоглицерата;
Б– гем– простетическая группа гемоглобина, миоглобина и других гемопротеинов. Связывается с глобином гидрофобными связями между пиррольными циклами и гидрофобными радикалами аминокислот. В центре молеку-
2+
лы расположен ион железа (Fe ), который образует 6 координационных связей: 4 – с атомами азота пиррольных колец гема, 1 – с азотом радикала гистидина цепей глобина, 1 – с молекулой кислорода. В присоединении О2к гему участвует еще один радикал гистидина цепи глобина
Рис. 1.22. Взаимодействие кислорода с гемом в миоглобине и гемоглобине
Молекула миоглобина может присоединять только 1 молекулу кислорода в свой активный центр:
Гемоглобин является олигомерным белком и имеет ряд особенностей функционирования, характерных для всех олигомерных белков. Молекула гемоглобина состоит из 4 протомеров и имеет 4 центра связывания О2 (активные центры). Гемоглобин может существовать как в свободной (дезоксигемоглобин), так и в оксигенированной форме, присоединяя до 4 молекул кислорода. Взаимодействие с кислородом 1-го протомера вызывает изменение его конформации, а также кооперативные конформационные изменения остальных протомеров (рис. 1.23, А). Сродство к кислороду возрастает, и присоединение О2 к активному центру 2-го протомера происходит легче, вызывая дальнейшую конформационную перестройку всей молекулы. В результате еще сильнее изменяется структура оставшихся протомеров и их активных центров, взаимодействие с О2 еще больше облегчается. В итоге 4-я молекула кислорода присоединяется к Hb примерно в 300 раз легче, чем 1-я (рис. 1.23, Б). Так происходит в легких при высоком парциальном давлении кислорода. В тканях, где содержание кислорода
ниже, наоборот, отщепление каждой молекулы О2 облегчает освобождение последующих.
Таким образом, взаимодействие олигомерного белка гемоглобина с лигандом (О2) в одном центре связывания приводит к изменению конформации всей молекулы и других, пространственно удаленных центров, расположенных на других субъединицах (принцип «домино»). Подобные взаимосвязанные изменения структуры белка называют кооперативными конформационными изменениями. Они характерны для всех олигомерных белков и используются для регуляции их активности.
Взаимодействие обоих белков (Mb и Hb) с кислородом зависит от его парциального давления в тканях. Эта зависимость имеет разный характер, что связано с их особенностями структуры и функционирования (рис. 1.24).
Гемоглобин имеет S-образную кривую насыщения, которая показывает, что субъединицы белка работают кооперативно, и чем больше кислорода они отдают, тем легче идет освобождение остальных молекул О2. Этот процесс зависит от изменения парциального давления кислорода в тканях.
График насыщения миоглобина кислородом имеет характер простой гиперболы, т.е. насыщение Mb кислородом происходит быстро и отражает его функцию – обратимое связывание с
Рис. 1.23. Кооперативные изменения конформации молекулы гемоглобина при взаимодействии с кислородом
А– при взаимодействии молекулы дезоксигемоглобина НЬ с О2 происходят кооперативные конформационные изменения, которые сопровождают присоединение каждой последующей молекулы кислорода; Б– в результате изменения конформации активного центра возрастает сродство НЬ к кислороду, 4-я молекула кислорода присоединяется к оксигенированному гемоглобину [НЬ(О2)3] в 300 раз легче, чем 1-я
Рис. 1.24. Кривые насыщения миоглобина и гемоглобина кислородом
кислородом, высвобождаемым гемоглобином, и освобождение в случае интенсивной физической нагрузки.
Изменение сродства гемоглобина к О2 обеспечивает быстрое насыщение крови кислородом в легких, а также освобождение и передачу его в ткани. Миоглобин обладает более высоким сродством к О2, поэтому связывает и передает в митохондрии клеток кислород, транспортируемый НЬ в мышцы.
Гемоглобин доставляет в сутки до 600 л (850 г) О2 в ткани и способствует удалению из них ~ 500 л (1000 г) СО2. Движущей силой этих потоков является градиент концентраций О2 между альвеолярным воздухом и межклеточной жидкостью. Парциальное давление О2 в альвеолярном воздухе составляет 100 мм рт.ст. Парциальное давление О2
в тканях намного ниже (~ 40 мм рт.ст.), что обусловлено поступлением и использованием кислорода митохондриями клеток, где он превращается в Н2О. Таким образом О2 поглощается клетками.
Обмен О2 и СО2 происходит в капиллярах: в легких О2 переходит из альвеолярного воздуха в эритроциты, а СО2 – в обратном направлении; в капиллярах тканей О2 из эритроцитов перемещается в клетки тканей, а СО2 – в обратном направлении (рис. 1.25).
Изменение функциональной активности белка при взаимодействии с другими лигандами вследствие конформационных изменений называется аллостерической регуляцией, а соединения-регуляторы – аллостерическими лигандами. Способность к аллостерической регуляции характерна, как правило, для олигомерных белков, т.е. для проявления аллостерического эффекта необходимо взаимодействие протомеров. При воздействии аллостерических лигандов белки меняют свою конформацию (в том числе и активного центра) и функцию.
Молекула гемоглобина способна связываться с несколькими лигандами: О2, Н+, СО2, 2,3-бис- фосфоглицератом (БФГ). Н+, СО2 и БФГ являются аллостерическими регуляторами активности гемоглобина и присоединяются к участкам (аллостерическим центрам), пространственно удаленным от активного центра.
Концентрация аллостерических лигандов снижает сродство гемоглобина к кислороду, а миоглобин и отдельные субъединицы гемоглобина нечувствительны к изменениям концентрации Н+, СО2 и БФГ, т.е. аллостерические свойства гемоглобина возникают только в результате взаимодействия субъединиц.
Рис. 1.25. Перенос кислорода и диоксида углерода гемоглобином. Эффект Бора
БФГ образуется из глюкозы в эритроцитах и является одним из регуляторов работы гемоглобина. Его молярная концентрация в крови близка к молярной концентрации НЬ. В центре молекулы гемоглобина полипептидные цепи 4 протомеров образуют полость (аллостерический центр), причем величина ее увеличивается в дезоксигемоглобине и уменьшается в оксигемоглобине. БФГ поступает в полость дезоксигемоглобина, связываясь с положительно заряженными группами на β-протомере (рис. 1.26). При этом его сродство к О2 снижается в 26 раз. В результате происходит высвобождение кислорода в капиллярах ткани при низком парциальном давлении О2.
Рис. 1.26. Связывание БФГ с дезоксигемоглобином
Центр связывания БФГ находится в положительно заряженной полости между 4 протомерами гемоглобина. Взаимодействие БФГ с центром связывания изменяет конформацию α- и β-протомеров НЬ и их активных центров. Сродство НЬ к молекулам О2 снижается и кислород высвобождается в ткани. В легких при высоком парциальном давлении О2 активные центры гемоглобина насыщаются за счет изменения конформации и БФГ вытесняется из аллостерического центра
В легких высокое парциальное давление О2, наоборот, приводит к оксигенированию НЬ и освобождению БФГ.
Содержание БФГ в крови человека соответствует содержанию гемоглобина и повышается при понижении содержания кислорода в воздухе (гипоксии) или затруднении дыхания при заболеваниях легких. Понижение его концентрации ухудшает снабжение тканей кислородом.
Это важно учитывать при переливании крови и сохранять необходимую концентрацию БФГ при консервации. Переливание донорской крови с пониженным содержанием БФГ может привести к гипоксии и гибели больных.
В регуляции работы гемоглобина основная роль принадлежит протонам Н+. • В ткани НЬ поступает преимущественно в виде НЬ(О2)4. Но при низком парциальном давлении О2 происходит отщепление части кислорода. Увеличение содержания не полностью оксигенированных форм НЬ облегчает высвобождение О2.
В мышцах образуется много СО2, который под действием карбоангидразы превращается в угольную кислоту Н2СО3, диссоциирующую на Н+ и бикарбонат-ион:
СО2 + Н2О → Н2СО3 → Н+ + НСО3-
Повышение концентрации Н+ вызывает протонирование ионогенных групп НЬ, что приводит к снижению его сродства к О2:
Н+ + НЬ О2 → Н+ НЬ + О2
Далее с дезоксигемоглобином взаимодействует
БФГ:
В легкие поступает кровь с высоким содержанием дезоксигемоглобина, протонированного, связанного с БФГ или СО2. В такой форме гемоглобин имеет пониженное сродство к О2.
Из капилляров диффундирует СО2, освобождающийся в результате реакции:
Н+ + НСО-3 → Н2СО3 → СО2 + Н2О
Это стимулирует депротонирование гемоглобина:
Н+ НЬ → Н+ + НЬ
Высокое парциальное давление О2 приводит к оксигенированию НЬ, при этом вытесняется БФГ:
НЬ БФГ → НЬ + БФГ
Частичное оксигенирование гемоглобина повышает его сродство к кислороду, все реакции, приведенные выше, происходят в обратном порядке.
Зависимость сродства гемоглобина к кислороду от концентрации ионов водорода (Н+) получила название эффекта Бора по имени датского физиолога, изучавшего функционирование гемоглобина (см. рис. 1.25).
Таким образом, количество транспортируемого гемоглобином в ткани кислорода регулируется и повышается при увеличении содержания СО2 и Н+ в крови (например, при интенсивной физической работе); при сдвиге рН крови в щелочную сторону (алкалозе) доставка кислорода в ткани понижается.